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Important informations

Plateformes de recherche

Cytométrie en flux

Laboratoire de cytométrie en flux de l'ILD

Cytométrie en flux 1

Mission

Notre mission est de fournir des services complets d’analyse par cytométrie en flux et de tri cellulaire en termes de conception expérimentale, d’instrumentation, de formation, d’assistance technique et d’orientation scientifique.

Aperçu du laboratoire de cytométrie en flux de l'ILD

Le laboratoire de cytométrie en flux de l’ILD, qui fonctionne sur la base d’une rémunération à l’acte, fournit aux chercheurs et aux cliniciens des instruments, une expertise scientifique et des conseils. Il comprend deux analyseurs de cytométrie en flux : un Sony ID7000, (un BD LSR Fortessa et un BD FACSCanto II) et un trieur de cellules BSL 2 (BD FACSAria Fusion). Il est également équipé d’un compteur de cellules automatisé. Le compteur de cellules CellDrop FL (Denovix) permet un comptage précis des cellules et la détermination de leur taille. Plusieurs stations d’analyse des données de cytométrie en flux sont également disponibles.

Qu'est-ce que la cytométrie en flux ?

Grâce à un ensemble de lasers, de prismes, de miroirs et de filtres, les instruments de cytométrie en flux nous permettent d’examiner plusieurs paramètres physiques et fluorescents d’une seule cellule. Ces paramètres physiques et fluorescents peuvent être analysés simultanément et, comme les cytomètres de flux peuvent analyser des centaines de cellules par seconde, il est facile de caractériser quantitativement de grandes populations de cellules. C’est cette capacité de multiplexage des paramètres qui fait de la cytométrie en flux un outil extrêmement polyvalent et puissant pour les chercheurs et les cliniciens. En outre, les trieurs de cellules activés par fluorescence peuvent séparer physiquement ces populations dans différents vaisseaux ou déposer des cellules individuelles dans une plaque multipuits pour le clonage.

Introduction à la cytométrie en flux

Cytométrie en flux 2

La cytométrie en flux (CMF) est une technologie polyvalente qui permet de quantifier la fluorescence et les caractéristiques structurelles des particules (le plus souvent des cellules). Les analyseurs CMF permettent une analyse quantitative rapide des particules en suspension ou des protéines solubles provenant du sérum, des cellules fractionnées, des cellules trypsinées ou des tissus dissociés. Les chercheurs et les cliniciens peuvent obtenir plusieurs statistiques au niveau d’une cellule unique et d’une population. Les trieurs de cellules peuvent également analyser les particules et, en outre, séparer physiquement les cellules d’intérêt à un niveau de pureté élevé pour les essais en aval. Une liste non exhaustive des différents essais de cytométrie en flux est présentée ci-dessous.

Un cytomètre en flux comporte trois composants principaux : la fluidique, l’optique et l’électronique. Grâce à un contrôle exquis de la pression et à une conception précise de la cellule d’écoulement ou de la buse, le système fluidique concentre l’échantillon de manière hydrodynamique et aligne les cellules en file indienne. Les cellules traversent ensuite le cœur du système, le point d’interrogation, où le système fluidique rencontre le système optique.

L’optique est composée de modules d’excitation et de collecte de la lumière. Au point d’interrogation, des lasers sont utilisés pour scanner chaque cellule l’une après l’autre afin d’évaluer leurs paramètres physiques et fluorescents. La quantité de lumière diffractée en ligne avec le laser (Forward Scatter ; FSC) donne une indication de la taille et la diffraction du laser à environ 90o (Side Scatter, SSC) donne une indication de la complexité ou de la granularité de la cellule. En outre, les cellules peuvent être marquées avec des protéines rapporteuses, des colorants fluorescents ou des anticorps marqués par fluorescence, qui marquent sélectivement les cellules d’intérêt. Ces ensembles de marqueurs ou panneaux de couleurs doivent être soigneusement choisis pour être excités par la source de lumière d’excitation disponible (lasers) et émettre une fluorescence à une longueur d’onde d’émission de la lumière qui est distinctement collectée par les filtres passe-bande disponibles.

Les composants électroniques utilisent des photodiodes et des tubes photomultiplicateurs (PMT) ultrasensibles pour convertir la lumière, définie par les filtres passe-bande, en impulsions électroniques. Ces impulsions sont intégrées, numérisées et envoyées à la station d’acquisition, où les données peuvent être interprétées.

L’avantage de l’utilisation de la CMF est qu’il s’agit d’un système extrêmement rapide et qu’une quantité relativement faible d’échantillon est nécessaire. En outre, dans le cas de la CMF multiparamétrique, plusieurs paramètres ou couleurs fluorescents sont analysés simultanément. Nous pouvons par exemple identifier le phénotype et vérifier la viabilité, la vitalité, la capacité de prolifération et l’état du cycle cellulaire de chaque cellule. Par conséquent, comme des milliers de cellules peuvent être rapidement analysées, nous pouvons identifier des populations de cellules extrêmement rares et obtenir des statistiques de population avec une plus grande précision.

Applications de la cytométrie en flux (liste non exhaustive) :

  • Apoptose

  • Autophagie

  • Flux de calcium

  • Signalisation cellulaire

  • Tri cellulaire

  • Suivi des cellules

  • Viabilité cellulaire

  • Clonage

  • Détection de molécules solubles

  • Analyse de l’ADN/du cycle cellulaire

  • Immunophénotypage

  • pH intracellulaire

  • Détection des protéines intracellulaires

  • Potentiel membranaire

  • Phagocytose

  • Prolifération

  • Efficacité de la transfection/transduction

Instruments

BD FACSAria Fusion

Sony ID7000

BD LSR Fortessa

BD FACSCanto II

Denovix CellDrop FL Cell Counter

Qu'est-ce que c'est ?

Trieur de cellules numérique sensible à grande vitesse

Que peut-il faire ?

Tri de cellules par cytométrie en flux
Tri de cellules en vrac à 4 voies
Tri de cellules uniques pour le clonage
Détection de 20 paramètres ; 18 couleurs

Que peut-on analyser ?

Échantillons BSL I et BLS II

Personnalisation ?

Buse interchangeable
Filtres d’émission interchangeables
Pression réglable dans la gaine

Qui peut utiliser cet instrument ?

Uniquement le personnel du laboratoire

Comment réserver cet instrument ?

Contactez le personnel du laboratoire de cytométrie en flux de l’ILD
Remplir le formulaire de demande de tri cellulaire de l’ILD

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Qu'est-ce que c'est ?

Cytomètre en flux à spectre complet

Que peut-il faire ?

Analyse par cytométrie en flux
Support de 24 tubes HTS
Plaque 96/384 puits HTS
Détecte 184 paramètres ; 182 couleurs
Détection spectrale de 360nm à 844nm
Analyse de pratiquement tous les fluorophores

Que peut-on analyser ?

Échantillons BSL I
Échantillons BSL II, sur demande

Personnalisation ?

Analyse spectrale
Filtre virtuel

Qui peut utiliser cet instrument ?

Assistance technique par le personnel du laboratoire
Utilisateurs formés

Comment réserver cet instrument ?

Calendrier de réservation LDI Core Scheduler

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Qu'est-ce que c'est ?

Cytomètre de flux numérique sensible équipé d’un échantillonneur à haut débit (HTS)

Que peut-il faire ?

Analyse par cytométrie en flux
Plaque à 96 puits HTS
Détecte 20 paramètres ; 18 couleurs

Que peut-on analyser ?

Échantillons BSL I

Personnalisation ?

Filtres d’émission interchangeables

Qui peut utiliser cet instrument ?

Assistance technique par le personnel du laboratoire
Utilisateurs formés

Comment réserver cet instrument ?

Calendrier de réservation LDI Core Scheduler

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Qu'est-ce que c'est ?

Cytomètre de flux numérique de qualité clinique

Que peut-il faire ?

Analyse par cytométrie en flux
Détecte 8 paramètres ; 6 couleurs

Que peut-on analyser ?

Échantillons BSL I

Personnalisation ?

Filtres d’émission interchangeables

Qui peut utiliser cet instrument ?

Assistance technique par le personnel du laboratoire
Utilisateurs formés

Comment réserver cet instrument ?

Calendrier de réservation LDI Core Scheduler

Cliquez pour agrandir l'image

Qu'est-ce que c'est ?

Compteur de cellules fluorescentes

Que peut-il faire ?

Comptage automatisé des cellules vivantes/mortes à l’aide de bleu trypan ou d’orange d’adridine/iodure de propidium
Calcul du diamètre des cellules

Que peut-on compter ?

Échantillons BSL I par pipetage direct
Échantillons BSL II utilisant des lames jetables

Personnalisation ?

Aucune

Qui peut utiliser cet instrument ?

Utilisateurs formés

Comment réserver cet instrument ?

Aucune réservation n’est nécessaire : premier arrivé, premier servi

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Règles d'utilisation du laboratoire de cytométrie en flux de l’ILD

  1. Les salles d’analyse de cytométrie en flux (E-417 et E-507) sont des laboratoires de niveau de biosécurité 1 (BSL1). Les échantillons de niveau BSL2 ou supérieur ne sont pas autorisés à être analysés sur les cytomètres en flux et les compteurs de cellules (BD LSR Fortessa, BD FACSCanto II et Denovix CellDrop). Si vous souhaitez exécuter des échantillons primaires humains, infectés par des virus ou tout autre échantillon de niveau de sécurité biologique 2 sur ces instruments, ils doivent être fixés !
  2. La salle de tri cellulaire (E-417.1) est un laboratoire BSL2. Les utilisateurs doivent soumettre le formulaire de demande de tri de cellules et, le cas échéant, divulguer tout facteur de risque en remplissant le formulaire de tri de cellules à haut risque au moment de la réservation.
  3. Créditez le laboratoire de cytométrie en flux de l’ILD dans toute publication (affiches, présentations, articles…) qui inclut des données acquises au laboratoire et nous faire parvenir la référence.
  4. Avant d’obtenir l’accès à l’outil de réservation en ligne et d’utiliser les appareils du laboratoire de cytométrie en flux de l’ILD, TOUS LES UTILISATEURS DOIVENT :
    • Être formés par un membre du personnel du laboratoire de cytométrie en flux de l’ILD. Les utilisateurs ne sont pas autorisés à former d’autres nouveaux utilisateurs.
    • Remplir et déposer un formulaire d’information sur l’utilisateur.
    • Fournir des renseignements sur le compte aux fins de facturation.
  5. Les utilisateurs ne peuvent utiliser que les appareils sur lesquels ils ont été formés.
  6. Les sessions de formation sont facturées à l’heure et l’utilisateur peut apporter quelques échantillons similaires à ceux sur lesquels il va travailler. Cela rend la formation plus adaptée à une application donnée et permet d’aborder les problèmes spécifiques aux échantillons.
  7. Les utilisateurs seront facturés pour le temps de connexion/déconnexion des appareils, avec un minimum de 15 minutes pour chaque réservation.
  8. Si un utilisateur n’a pas annulé dans les 24 heures précédant son heure de début et ne se présente pas à sa réservation, il sera facturé en double pour l’ensemble de la période réservée.
  9. Les utilisateurs doivent éteindre les cytomètres en flux si :
    • La prochaine plage horaire réservée est dans plus de deux heures.
    • L’utilisateur suivant a une réservation après 17 heures.
    • L’utilisateur est le dernier utilisateur avec une réservation pour la journée.
  10. Si les utilisateurs ne se présentent pas pendant la première demi-heure de leur réservation, l’appareil est considéré disponible pour d’autres utilisateurs. Conformément à l’énoncé 8, l’utilisateur fautif sera facturé en double pour la totalité de la durée de la réservation.
  11. Les utilisateurs sont tenus d’utiliser au moins 75% du temps réservé pour les réservations de moins de 2 heures. Pour les réservations de plus de 2 heures, une surréservation de 30 minutes est autorisée. Les récidivistes se verront facturer le double du temps réservé.
  12. Les utilisateurs doivent effacer toutes les expériences de la base de données du logiciel FACS Diva avant de se déconnecter. Les expériences laissées sur FACS Diva seront supprimées sans avertissement par le personnel du laboratoire au tarif minimum d’assistance technique ($65.00) par utilisateur.
  13. Lorsqu’une assistance technique est requise, elle se fera uniquement sur rendez-vous.
  14. Les utilisateurs ne seront PAS facturés si l’équipement ne fonctionne pas. Veuillez informer immédiatement les gestionnaires locaux ou le directeur du laboratoire s’il y a un problème avec l’équipement.
  15. Les utilisateurs se verront retirer leurs privilèges de façon temporaire ou permanente en cas de mauvaise conduite, de mauvaise utilisation de l’équipement ou de manipulation non standard, à la discrétion du personnel du laboratoire de cytométrie en flux de l’ILD.
  16. La priorité de réservation sera donnée dans l’ordre suivant :
    • Utilisateurs locaux
    • Utilisateurs de McGill
    • Utilisateurs de l’extérieur
  17. Le directeur du laboratoire ou les gestionnaires locaux se réservent le droit de prendre les décisions finales en termes du niveau de priorité des utilisateurs.
  18. Le laboratoire n’assume aucune responsabilité quant aux données stockées sur les appareils et les ordinateurs du laboratoire de cytométrie en flux de l’ILD. Les données laissées sur les appareils et les ordinateurs du laboratoire de cytométrie en flux de l’ILD peuvent être supprimées sans préavis. AUCUN lecteur portable CD-RW, DVD-RW ou USB n’est autorisé sur les ordinateurs équipés du système d’exploitation Windows, car ils peuvent être porteurs de virus qui infectent les ordinateurs.
  19. Aucun logiciel, pilote ou module externe (plugins) tiers ne doit être installé sur les postes informatiques centraux sans l’approbation préalable du responsable du laboratoire.
  20. Les utilisateurs qui souhaitent prendre une licence FlowJo en prêt doivent d’abord réserver le dongle en ligne. Il y a une limite de 3 jours consécutifs pour chaque prêt du dongle FlowJo. Tous les dongles prêtés doivent être rendus avant 12h00 chaque vendredi, ou le dernier jour de la semaine. Les prêts pour la période du week-end commencent le vendredi après 12h00. Votre laboratoire a la responsabilité de fournir un remplacement en cas de perte ou de vol d’un dongle FlowJo.

Ces règles sont susceptibles d'être modifiées si le personnel du laboratoire de cytométrie en flux de l’ILD le juge nécessaire.

Services et tarifs

Services de cytométrie en flux

Temps minimum facturé (min)

Interne McGill
Taux
($/h)

Externe Public
Taux
($/h)

Externe Privé
Taux
($/h)

Analyseur Sony ID7000 Full Spectrum 

15

35.00

85.00

100.00

Analyseur BD LSR Fortessa HTS 

15

30.00

65.00

80.00

Analyseur BD FACSCanto II 

15

30.00

65.00

80.00

BD FACSAria Fusion – Tri de cellules

60

80.00

100.00

200.00

Compteur cellulaire Denovic CellDrop

N/A

Gratuit

Gratuit

N/A

Assistance technique – analyseurs (supplémentaire)

60

35.00

65.00

100.00

Formation – analyseurs (supplémentaire)

60

35.00

65.00

100.00

Analyse de données/consultation

60

35.00

65.00

100.00

Les plateformes de recherche de l’ILD utilisent le calendrier de réservation LDI Core Scheduler accessible sur le web

Le trieur de cellules FACSAria Fusion est exploité par le personnel du laboratoire. Pour programmer une expérience de tri cellulaire, veuillez suivre les instructions suivantes.

Étudiants et personnel de l’ILD :
Veuillez-vous connecter à notre système LDI Core Scheduler et réserver l’instrument FACSAria Fusion
Votre réservation sera approuvée si un opérateur est disponible et si le(s) formulaire(s) est(sont) reçu(s).

Utilisateurs externes :
Veuillez contacter le laboratoire de cytométrie en flux de l’ILD pour prendre rendez-vous.

Les utilisateurs formés peuvent utiliser l’ID7000, le LSR Fortessa, le FACSCanto II et le compteur de cellules CellDrop FL sans assistance 24 heures sur 24 et 7 jours sur 7 au laboratoire de cytométrie en flux de l’ILD. Pour demander une session de formation à l’instrument, veuillez contacter le laboratoire par courriel et remplir un formulaire d’information de l’utilisateur.

Le personnel hautement qualifié du laboratoire de cytométrie en flux de l’ILD peut acquérir et analyser vos expériences de cytométrie en flux. Veuillez nous contacter pour prendre rendez-vous. Nous évaluerons la faisabilité de votre expérience et programmerons votre analyse.

Contact

Christian Young

Directeur

Institut Lady Davis Institute de recherches médicales, Salle E-415
Hôpital général juif
3999, chemin de la Côte Ste-Catherine 
Montréal, Qc
H3T 1E2